María-Eugenia Zaballa, Javier Perez-Saez, Carlos de Mestral, Nick Pullen, Julien Lamour, Priscilla Turelli, Charlène Raclot, Hélène Baysson, Francesco Pennacchio, Jennifer Villers, Julien Duc,Viviane Richard, Roxane Dumont, Claire Semaani, Andrea Jutta Loizeau, Clément Graindorge, Elsa Lorthe, Jean-François Balavoine, Didier Pittet, Manuel Schibler, Nicolas Vuilleumier, François Chappuis, Omar Kherad, Andrew S. Azman, Klara M. Posfay-Barbe, Laurent Kaiser, Didier Trono, Silvia Stringhini, Idris Guessous pour le groupe Specchio-COVID19.
Seroprevalence of anti-SARS-CoV-2 antibodies and cross-variant neutralization capacity after the Omicron BA.2 wave in Geneva, Switzerland. MedRXiv, The Pre-print Server for Health Sciences, doi: 10.1101/2022.07.27.22278126

Résumé:

Contexte: Plus de deux ans après le début de la pandémie de COVID-19, il est généralement admis que la majorité de la population a développé des anticorps anti-SARS-CoV-2 suite à une infection et/ou une vaccination. Cependant, le processus décisionnel de santé publique est entravé par le manque d’analyse récente et précise du paysage immunitaire au sein de la population. Notre objectif est donc d’estimer la séroprévalence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 et leur capacité neutralisante contre les nouveaux variants, suite à l’émergence et la domination du variant Omicron à Genève, en Suisse.

Méthodes: Nous avons réalisé une étude sérologique entre le 29 avril et le 9 juin 2022, en recrutant des participants de tous âges à partir d’un échantillon établi au hasard et stratifié selon l’âge de la population générale genevoise. La présence d’anticorps anti-SARS-CoV-2 a été évaluée en utilisant un test commercial immunologique ciblant la protéine Spike (S), ou la protéine de nucléocapside (N). La capacité de neutralisation des anticorps contre les différents variants du SARS-CoV-2 a été déterminée en utilisant un test de neutralisation basé sur la liaison de Spike-ACE2. La séroprévalence des anticorps  anti-SARS-CoV-2 et la capacité de neutralisation ont été estimées en utilisant un modèle bayésien prenant en compte les caractéristiques démographiques, et le statut vaccinal et infectieux de la population genevoise.

Résultats: Parmi les 2521 individus inclus dans l’analyse (55.2% de femmes; 21.4% âgés de moins de 18 ans, et 14.2% âgés de 65 ans ou plus), la séroprévalence globale des anticorps était de 93.8% (intervalle de confiance à 95% : 93.1-94.5), dont 72.4% (70.0-74.7) avaient des anticorps induis par une infection antérieure. L’estimation de la capacité neutralisante des anticorps établie dans un sous-échantillon représentatif de 1160 participants allait de 79.5% (77.1-81.8) contre le variant Alpha à 46.7% (43.0-50.4) contre les sous-variants Omicron BA.4/BA.5. Malgré une haute séroprévalence d’anticorps induits par l’infection (90.5% [86.5-94.1] chez les enfants de 6-11 ans, 76.7% [69.7-83.0] chez les enfants de 0-5 ans), les enfants de moins de 12 ans avaient une activité neutralisante significativement plus basse que les participants plus âgés, particulièrement contre les sous-variants Omicron. Une activité neutralisante plus haute contre les variants antérieurs à Omicron était associée à la vaccination et particulièrement au fait d’avoir reçu une dose de rappel. Une activité neutralisante plus haute contre les sous-variants Omicron était associée au fait d’avoir reçu une dose de vaccination de rappel et d’avoir été récemment infecté.

Conclusion: Dans la population genevoise, plus de neuf individus sur dix ont développé des anticorps anti-SARS-CoV-2 suite à la vaccination et/ou l’infection, mais moins de la moitié de la population possède des anticorps avec une activité neutralisante contre le sous-variant Omicron BA.5 actuellement en circulation. L’immunité hybride, c’est-à-dire obtenue suite à une vaccination avec dose de rappel combinée à une infection, confère la meilleure capacité neutralisante, y compris contre Omicron.

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